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清华大学教育研究院在研究上坚持“顶天立地树人”：一方面积极参与国家宏观层面教育改革政策及理论研究工作，为推进全国的教育改革与事业发展贡献力量；另一方面积极配合高校教育改革与教育教学信息化的开展，结合院校实际问题和需求进行深入的研究。
三十年来，教育研究院承担了大量国家和省部级教育研究重点项目和国际合作科研项目，在高等工程教育研究、一流大学研究、学位与研究生教育研究、大学评价研究、大学课程与教学研究、院校研究、现代教育技术、数字化校园建设等方面已经形成很强的研究特色和学术影响力，研究成果多次获得全国及省部级奖项，并为国家制定相关教育政策提供重要咨询建议。
近年来，本院研究人员出版了《继承与发展》、《坚持与超越》、《改革与创新》、《中国高等教育大众化进程中的结构分析》、《发展教育论》、《科技人才培养研究》、《工程教育与工业竞争力》、《通识教育——一种大学教育观》、《高等教育与人才市场》、《大学社会功能的比较研究》、《新制度与大革命》等专著和一批高质量的学术论文及研究生课程教材。由我院组织力量翻译出版的《世界一流大学研究译丛》、《oecd教育政策分析报告》等，在学界及社会广泛获得好评。
在e-learning环境的理论、方法与技术方面也取得了瞩目的成果，基于研究成果研究开发的“清华教育在线”系列教育教学软件获39个软件著作权登记，其中支持多种教学模式和教学环节的数字化学习系统已在200多所高校的三百多万师生的日常教学活动中应用，成为国内应用最为广泛的数字化学习系统，对业界软件研发的引领，实现相关教育软件的进口替代。
有我院人员参与的一批教改实验项目获得国家及省部级优秀教学成果奖。
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